Cristian Balaj și-a făcut debutul în Divizia A la meciul Steaua București - FC Brașov (10 septembrie 2000), iar în anul 2002 a arbitrat primul derby de România și prima finală de Cupa României. Este purtător al ecusonului FIFA din anul 2003, Elfsborg - Spartak Moscova fiind primul meci internațional pe care l-a condus la centru (primul tur al Cupei UEFA - 15 octombrie 2005), iar în Liga Campionilor și-a făcut debutul în septembrie 2010 la duelul dintre AC Milan și AJ Auxerre (în anul 2010 UEFA l-a promovat în categoria arbitrilor ”Elite Development”).
Este arbitrul român cu cele mai multe finale de Cupa României conduse și este pe locul 1 și în topul celor mai multe confruntări Steaua – Dinamo arbitrate. Balaj a condus peste 340 de meciuri în prima ligă din România (locul 2 în clasamentul all time), deține recordul celor mai multe finale de Cupa României arbitrate (2002, 2004, 2009 și 2013) și este pe primul loc, alături de Aurel Bentu, în topul arbitrilor care au condus derby-ul României, Steaua – Dinamo, cu 9 astfel de meciuri oficiate (primul  în mai 2002, ultimul în aprilie 2016).
În competițiile internaționale Cristi Balaj a arbitrat echipe precum AC Milan, FC Barcelona, AS Monaco, Borussia Dortmund în meciuri de UEFA Champions League și UEFA Europa League. A oficiat jocuri de calificare la Campionate Mondiale și Europene, fluierând reprezentative precum Germania, Polonia, Cehia. De asemenea a condus meciui laturnee finale de EURO pentru categoriile de vârstă Under 17 și Under 19.
În 2001 a cucerit pentru primată dată premiul de cel mai bun arbitru din România, atât din partea Federației Române de Fotbal (prin intermediul Comisiei Centrale a Arbitrilor), cât și într-o gală organizată de Clubul Sportiv al Jurnaliștilor. De atunci a fost nominalizat la acest titlu de diverse foruri (inclusiv de Comisia Centrală a Arbitrilor) în fiecare an, fiind arbitrul român cu cele mai multe astfel de titluri în palmares. În iulie 2009 Cristian Balaj a devenit cetățean de onoare al orașului Baia Mare. În martie 2010 Cristian Balaj a fost ales președinte al Asociației Județene de Fotbal Maramureș, reales fiind în această funcție în 2014 cu unanimitate de voturi.
Cristi Balaj a postat în această dimineață pe contul său oficial de Facebook un mesaj emoționant: